Définition de la colite microscopique
La colite microscopique, décrite pour la première fois en 1970, est une cause fréquente de diarrhée liquide non hémorragique chronique ou récidivante, souvent nocturne et d’origine inflammatoire. Dans cette maladie, on note une réaction inflammatoire excessive avec une potentielle participation génétique. Les anomalies du métabolisme du collagène peuvent être renforcées par les acides biliaires.
La colite microscopique est associée : à une prise médicamenteuse dans 35 à 55 % des cas ; à une maladie auto-immune dans un tiers des cas dont la plus fréquente est la maladie cœliaque ; ou à une dysbiose. Le tabac semble avoir un rôle délétère plus sur la colite à collagène que lymphocytaire.
Dans certains cas, il peut apparaître une déshydratation extra-cellulaire avec hypokaliémie associée à une CRP élevée avec parfois une anémie modérée.
Les explorations radiologiques sont normales et la coloscopie retrouve une muqueuse colique le plus souvent normale, les prélèvements permettent d’établir le diagnostic de certitude.(1-13)
L’anatomo-pathologie distingue deux sous-types évolutifs de colite microscopique :
La colite lymphocytaire

Lymphocytes intra épithéliaux > 20 %
La colite à collagène

Bande collagène > 10 μm
Quand penser à une colite microscopique ?
L’incidence de la colite microscopique est en augmentation de façon variable selon les différents pays. Elle prédomine chez la femme, l’âge moyen d’apparition est de 65 ans (54-70 ans colite lymphocytaire, 57-73 ans colite à collagène).
Elle a été évaluée dans le registre EPIMAD à 7,8 pour 100 000 habitants pour la colite microscopique (2,5 à 4,9 pour 100 000 habitants pour la colite lymphocytaire ; 4,1 à 5,3 pour 100 000 habitants pour la colite à collagène).
Cette incidence était comparable à celle des maladies inflammatoires intestinales chroniques.(11,13)
Cliniquement la colite lymphocytaire et la colite à collagène ont une présentation similaire, elles se caractérisent par une diarrhée liquide chronique qui dure depuis plus de 4 semaines.(3)
Le diagnostic différentiel est celui des diarrhées chroniques.
Il faudra commencer par éliminer une autre cause dont les plus fréquentes sont :
- Colite inflammatoire (RCH, Crohn).
- Cancer colo-rectal particulièrement chez une personne > à 50 ans.
- Diarrhée d’origine infectieuse.
- Diarrhée d’origine métabolique.
- Allergie ou intolérance alimentaire.
Une fois le diagnostic d’une origine organique sous-jacente éliminé, il est important de penser à une colite microscopique devant :
- Une diarrhée liquide non expliquée chez un sujet de plus de 50 ans, notamment chez la femme avec des exonérations nocturnes et une perte de poids.
- Une diarrhée suite à une introduction médicamenteuse récente (inférieure à 3 mois) en particulier : d’inhibiteurs de la pompe à proton ou de recapture de la sérotonine, d’AINS ou parkinsonien, de statines.
- Une maladie cœliaque qui ne s’améliore pas sous régime sans gluten.
- Une maladie auto-immune, une atteinte thyroïdienne ou un diabète associé à une diarrhée liquide.
- Des patients non améliorés par la prise en charge de leur Syndrome de l’intestin irritable.
| Colite microscopique | Maladie de Crohn (MC) ou Colite Ulcéreuse (CU) | Syndrome de l’Intestin Irritable | Cancer colorectal | |
|---|---|---|---|---|
| Âge | >50 ans | <50 ans | <50 ans | >50 ans |
| Sexe | Femme = Homme | Femme = Homme | Femme > Homme | Femme = Homme |
| Diarrhées | Aqueuse | MC : pas obligatoire CU : sanglantes | Aqueuse | Pas obligatoire |
| Perte pondérale | (+) | + | – | +++ |
| Endoscopie | Normale ou œdème | Ulcérations, érosions | ||
| Biopsie | CC/CL | Inflammation | Normale | Malignité |

Quand penser à une colite microscopique devant une diarrhée chronique inexpliquée ?
Le syndrome de l’intestin irritable (SII) est le diagnostic différentiel majeur de la colite microscopique.(14)
| SII | Colite microscopique | |
|---|---|---|
| Début des symptômes | <50 ans | >50 ans |
| Consistance des selles | variable | hydrique |
| Douleurs abdominales | constantes | variables |
| Diarrhée nocturne | rare | assez fréquente |
| Sensation d’évacuation incomplète | fréquent | rare |
| Perte de poids | rare | fréquent |
| Incontinence anale | rare | fréquent |
| Gaz, ballonnements | fréquent | rare |
| Maladie auto-immune associée | circonstanciel | fréquent |
Comment faire le diagnostic de colite microscopique ?
Le diagnostic de la colite microscopique est posé histologiquement sur des biopsies multiples étagées de la muqueuse colique qui est le plus souvent normale en endoscopie outre parfois un aspect érythémateux, congestif de la muqueuse colique.
Dans la colite lymphocytaire, le nombre de lymphocytes intra-épithéliaux augmente de 4 à 5 fois (> 20 %). Est aussi retrouvée une augmentation des lymphocytes et granulocytes avec une architecture glandulaire conservée et une bande de collagène sous épithéliale normale.
Dans la colite à collagène on retrouve une bande de collagène sous épithéliale épaissie > à 10 microns (coloration à l’hématéine-éosine +- safran ou trichrome de Masson), chez le sujet sain elle est habituellement inférieure à 5 microns. Le nombre de lymphocytes intra-épithéliaux est souvent un peu augmenté (> 10 %), l’architecture glandulaire le plus souvent conservée.
Pour diagnostiquer une colite microscopique, il est recommandé d’effectuer 2 à 3 biopsies par segment du côlon : au niveau du côlon droit, du transverse, du côlon gauche, du sigmoïde et du rectum.
A minima, 2 à 3 prélèvements par segment biopsié doivent être effectués au niveau du rectum et du côlon gauche.(15-17)
Relation avec l’anatomo-pathologiste
Histologiquement, on observe dans la colite lymphocytaire au niveau de la muqueuse colique :
- une nette augmentation des lymphocytes intra-épithéliaux (> 20 pour 100 cellules épithéliales). Ces lymphocytes sont de phénotype CD8 + ;
- une altération des cellules épithéliales de surface ;
- un infiltrat inflammatoire du chorion.
Ces lésions sont diffuses, présentes sur toutes les biopsies mais à des degrés différents.
Histologiquement, on observe dans la colite collagène au niveau de la muqueuse colique :
- la présence d’un dépôt collagène continu (> 10 μ) situé sous l’épithélium de surface. Cette bande fibreuse ne s’étend pas autour des cryptes en profondeur, reste confinée sous l’épithélium de surface et peut englober des capillaires ;
- une altération des cellules épithéliales de surface ;
- une inflammation du chorion ;(18)
- une légère augmentation du nombre de lymphocytes intra-épithéliaux
Il est important de préciser à l’anatomo-pathologiste la recherche d’une colite microscopique en stipulant le nombre et la localisation des biopsies.
Les circonstances cliniques de cette demande peuvent être précisées succinctement et le souhait d’avoir un résultat détaillé pour chaque biopsie doit également être mentionné :
- Altérations épithéliales.
- Épaisseur de la bande collagène.
- Nombre d’infiltrat lymphocytaire intra-épithélial.
- Infiltration cellulaire du chorion.(18)
Quelle est la prise en charge idéale pour les patients ayant un diagnostic confirmé de colite microscopique ?
La colite microscopique répond bien au traitement. Le pronostic à long terme de ces patients est bon.
Il est recommandé, aujourd’hui, de traiter la colite collagène et colite lymphocytaire de la même façon.
Traitement d’un premier épisode de diarrhée
L’arrêt de tout traitement suspect est la première étape devant l’apparition récente d’une diarrhée liquide chronique.
Si les symptômes sont peu invalidants, un traitement symptomatique utilisant un ralentisseur du transit comme le lopéramide est totalement justifié.(10)
Le traitement par budésonide est recommandé en première intention en cas de colite microscopique confirmée.
La majorité des patients répond rapidement au budésonide. Cette réponse au budésonide s’accompagne d’une amélioration significative de la qualité de vie des patients traités. Dans une méta-analyse faite par Cochrane, le taux de réponse poolé était évalué à 81 %, avec un NNT à 2 patients.(19-21)
La dose recommandée pour un traitement d’attaque est 9 mg/jour de budésonide pour une durée de 6 à 8 semaines, avec une amélioration des symptômes de 72 à 91 % pour la colite lymphocytaire et de 73 à 100 % pour la colite à collagène et une bonne tolérance (90 % de dégradation lors du premier passage hépatique).(22-23)
Cette dose pourrait être diminuée à 6 mg/jour pendant 2 semaines et puis 3 mg/jour pendant deux autres semaines.(24)
Le taux de rechute à 6 mois de traitement est élevé, variant selon les séries de 46 à 88 % avec 20 % de dépendance décrite au budésonide.(10, 24)
Traitement d’une colite microscopique en rechute
Dans les études le budésonide en traitement d’entretien 6 mg/jour est susceptible de prolonger la rémission de la colite microscopique sans augmentation des effets secondaires. Ces données restent limitées dans le temps à 6 et 12 mois de traitement.(20-21)
Traitement d’une colite microscopique avec une réponse insuffisante ou une intolérance ou une dépendance au budesonide
Une escalade thérapeutique similaire à celle pratiquée dans la maladie de Crohn peut être proposée au patient atteint d’une colite microscopique sévère ne répondant pas au budésonide. Bien qu’aucune étude randomisée ne soit disponible et que leur efficacité reste variable et parfois limitée dans le temps, les immunosuppresseurs et les biothérapies peuvent être évalués comme traitements hors AMM en cas de sévérité de la maladie. L’intervention chirurgicale ne devrait être qu’exceptionnelle.(10,19,25)
En pratique
- La colite microscopique (CM) constitue une cause fréquente de diarrhées chroniques. Le diagnostic repose sur une iléo-coloscopie avec biopsies étagées.
- La prévalence des CM peut atteindre 1/1000 personnes. Elle touche surtout les femmes d’âge avancé et peut être en lien avec certains médicaments comme les anti-inflammatoires non stéroïdiens, les inhibiteurs de la pompe à protons ou sélectifs de la capture de la sérotonine, les anti-dépresseurs.
- Le traitement de première ligne consiste en l’administration de budésonide à la dose de 9 mg/jour. L’objectif thérapeutique est la rémission clinique.
Références
- Lindström CG. “Collagenous colitis” with watery diarrhoea – a new entity? Pathol Eur 1976 ; 11 (1) : 87-9.
- Burke KE, D’Amato M, Ng SC, Pardi DS, Ludvigsson JF, Khalili H. Microscopic colitis. Nat Rev Dis Primers 2021 ; 7 (1) : 39.
- Miehlke S, Verhaegh B, Tontini GE, Madisch A, Langner C, Münch A. Microscopic colitis: pathophysiology and clinical management. Lancet Gastroenterol Hepatol 2019 ; 4 (4) : 305-14.
- Kao KT, Pedraza BA, McClune AC, et al. Microscopic colitis: a large retrospective analysis from a health maintenance organization experience. World J Gastroenterol 2009 ; 15 (25) : 3122-7.
- Stewart M, Andrews CN, Urbanski S, Beck PL, Storr M. The association of coeliac disease and microscopic colitis: a large population-based study: Coeliac disease and microscopic colitis. Aliment Pharmacol Ther 2011 ; 33 (12) : 1340-9.
- Ung KA, Gillberg R, Kilander A, Abrahamsson H. Role of bile acids and bile acid binding agents in patients with collagenous colitis. Gut 2000 ; 46 (2) : 170-5.
- Macaigne G, Lahmek P, Locher C, et al. Microscopic colitis or functional bowel disease with diarrhea: a French prospective multicenter study. Am Journal Gastroenterol 2014 ; 109 (9) : 1461-70.
- Jaruvongvanich V, Poonsombudlert K, Ungprasert P. Smoking and Risk of Microscopic Colitis: A Systematic Review and Meta-analysis. Inflamm Bowel Dis 2019 ; 25 (4) : 672-8.
- Fernández-Bañares F. Impact of current smoking on the clinical course of microscopic colitis. Inflamm Bowel Dis 2013 Jun ; 19 (7) : 1470-6.
- Bresteau C, Martin A, Lazure T, Meyer A, Bellanger C, Carbonnel F, Amiot A. La colite microscopique. Hépato-Gastro et Oncologie Digestive 2023 ; 30 : 951-959. doi : 10.1684/hpg.2023.2652
- Fumery M, Kohut M, Gower-Rousseau C, et al. Incidence, Clinical Presentation, and Associated Factors of Microscopic Colitis in Northern France: A Population-Based Study. Dig Dis Sci 2017 ; 62 (6) : 1571-9.
- Roth B, Gustafsson RJ, Ohlsson B. Auto-antibodies and their association with clinical findings in women diagnosed with microscopic colitis. PLoS One 2013 ; 8 (6) : e66088.
- Tong J, Zheng Q, Zhang C, Lo R, Shen J, Ran Z. Incidence, Prevalence, and Temporal Trends of Microscopic Colitis: A Systematic Review and Meta-Analysis. Am J Gastroenterol 2015 ; 110 (2) : 265-76.
- Limsui D, Pardi DS, Camilleri M, Loftus EV Jr, Kammer PP, Tremaine WJ, Sandborn WJ. Symptomatic overlap between irritable bowel syndrome and microscopic colitis. Inflamm Bowel Dis 2007 Feb ; 13 (2) : 175-81. doi : 10.1002/ibd.20059
- Macaigne G et al. Over 90% of cases of Microscopic Colitis can be diagnosed by performing a short colonoscopy. Clin Res Hepatol Gastroenterol 2017 Jun ; 41 (3) : 333-340.
- Macaigne G. Colites microscopiques : recommandations européennes (Post U 2021).
- Miehlke S, Guagnozzi D, Zabana Y, et al. European guidelines on microscopic colitis: United European Gastroenterology and European Microscopic Colitis Group statements and recommendations. United European Gastroenterol J 2021 ; 9 (1) : 13-37.
- Langner C, Aust D, Ensari A, et al. Histology of microscopic colitis-review with a practical approach for pathologists. Histopathology 2015 ; 66 (5) : 613-26.
- Chande N, et al. Interventions for treating microscopic colitis: a Cochrane Inflammatory Bowel Disease and Functional Bowel Disorders Review Group systematic review of randomized trials. Am J Gastroenterol 2009 Jan ; 104 (1) : 235-41.
- Münch A, Aust D, Bohr J, et al. Microscopic colitis: Current status, present and future challenges: statements of the European Microscopic Colitis Group. J Crohns Colitis 2012 ; 6 (9) : 932-45.
- Kafil TS, Nguyen TM, Patton PH, MacDonald JK, Chande N, McDonald JWD. Interventions for treating collagenous colitis. Cochrane Database of Systematic Reviews 2017, Issue 11. Art. No.: CD003575. DOI: 10.1002/14651858.CD003575.pub6.
- Madisch A, Heymer P, Voss C, et al. Oral budesonide therapy improves quality of life in patients with collagenous colitis. Int J Colorectal Dis 2005 ; 20 (4) : 312-6.
- Miehlke S, Madisch A, Kupcinskas L, et al. Budesonide is more effective than mesalamine or placebo in short-term treatment of collagenous colitis. Gastroenterology 2014 ; 146 (5) : 1222-1230.e1-2.
- Münch A, Bohr J, Miehlke S, et al. ; BUC-63 investigators. Low-dose budesonide for maintenance of clinical remission in collagenous colitis: a randomized, placebo-controlled, 12-month trial. Gut 2016 ; 65 (1) : 47-56.
- Järnerot G, Tysk C, Bohr J, Eriksson S. Collagenous colitis and fecal stream diversion. Gastroenterology 1995 ; 109 (2) : 449-55.
Auteur : Jean-Christophe Letard et les membres du bureau de la SFHGL – Janvier 2026.
Fiche réalisée avec le support institutionnel de Dr Falk Pharma.